Анимационный фильм про каждого, чью жизнь перевернул привидение.
В далеком прошлом Японии юный Кубо (изначально Арт Паркинсон) живет в деревне со своей матерью. Его отец когда-то был легендарным воином-самураем, но его давно нет в живых. И его мать тоже тяжело больна. Чтобы помочь ей, юнец-японец рассказывает в деревенской общине захватывающие истории о монстрах и богах на своем шамисе - трехструнной лютне со сверхспособностями. Он случайно пробуждает призрак из былых дней, который должен уладить давнюю кровавую расправу против известного воина-самурая и его наследников - то есть главного героя.
В хаосе пацану удается сбежать, но проблемы только начинаются. Не зная секретов своего покойного папы, его мистических возможностей и того, как победить мстительного Лунного Короля (Ральф Файнс) и его сестру (Руни Мара), он отправляется в свое путешествие. Парень получает поддержку двух новых спутников: Обезьяна (Шарлиз Терон), мудрая женщина-обезьяна, которая учит Kubo о его судьбе, и Жук (Мэттью МакКонахи), сильный воин, потенциал которого еще не исчерпан. Сможет ли центральный персонаж осуществить свое предназначение и разгадать тайну своей семьи?